MEME version 4 ALPHABET= ACGT strands: + - Background letter frequencies A 0.25 C 0.25 G 0.25 T 0.25 MOTIF MA0287.1 CUP2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 11 nsites= 9 E= 0 0.000000 0.777778 0.000000 0.222222 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.222222 0.777778 0.000000 0.000000 0.666667 0.000000 0.333333 0.000000 0.444444 0.111111 0.444444 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.777778 0.000000 0.222222 0.000000 0.444444 0.000000 0.000000 0.555556 0.222222 0.000000 0.777778 0.000000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0287.1 MOTIF MA0288.1 CUP9 letter-probability matrix: alength= 4 w= 9 nsites= 99 E= 0 0.070707 0.101010 0.030303 0.797980 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.840000 0.000000 0.090000 0.070000 0.010000 0.990000 0.000000 0.000000 0.910000 0.000000 0.090000 0.000000 0.000000 0.640000 0.090000 0.270000 0.750000 0.150000 0.000000 0.100000 0.400000 0.000000 0.000000 0.600000 0.390000 0.130000 0.030000 0.450000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0288.1 MOTIF MA0754.1 CUX1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 36808 E= 0 0.111362 0.126304 0.065230 0.697104 0.492401 0.063251 0.298407 0.145941 0.982087 0.004172 0.007349 0.006392 0.002720 0.011264 0.002950 0.983066 0.001935 0.973481 0.002011 0.022574 0.367712 0.010133 0.617165 0.004990 0.986126 0.001729 0.003267 0.008878 0.005784 0.003663 0.001118 0.989434 0.516091 0.189469 0.152058 0.142383 0.318329 0.297478 0.154254 0.229939 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0754.1 MOTIF MA0754.2 CUX1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 8484 E= 0 0.087459 0.125177 0.072607 0.714757 0.793250 0.013622 0.124565 0.068564 0.857587 0.000141 0.140433 0.001838 0.000479 0.017255 0.013421 0.968845 0.003527 0.972262 0.007696 0.016514 0.275045 0.000327 0.715967 0.008662 0.987944 0.002770 0.005213 0.004073 0.006551 0.015498 0.009107 0.968845 0.784578 0.075818 0.059387 0.080217 0.477030 0.252753 0.104232 0.165985 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0754.2 MOTIF UN0486.1 CUX1::HOXA13 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 610 E= 0 0.911475 0.000000 0.009836 0.078689 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.016051 0.892456 0.000000 0.091493 0.087986 0.054146 0.854484 0.003384 0.984071 0.000000 0.000000 0.015929 0.012027 0.000000 0.032646 0.955326 0.035971 0.440647 0.010791 0.512590 0.875899 0.046763 0.026978 0.050360 0.062950 0.440647 0.079137 0.417266 0.052158 0.521583 0.397482 0.028777 0.035656 0.445705 0.063209 0.455429 0.163327 0.557114 0.108216 0.171343 0.523156 0.029160 0.430532 0.017153 0.001701 0.025510 0.027211 0.945578 0.569089 0.267144 0.035824 0.127943 0.822485 0.060651 0.023669 0.093195 0.908497 0.006536 0.032680 0.052288 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/UN0486.1 MOTIF UN0487.1 CUX1::HOXB13 letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 3260 E= 0 0.146012 0.517791 0.303374 0.032822 0.057346 0.410248 0.034611 0.497794 0.343917 0.450445 0.026113 0.179525 0.502549 0.012017 0.471959 0.013474 0.000000 0.018813 0.012663 0.968524 0.779104 0.010477 0.050349 0.160070 0.880013 0.034845 0.004274 0.080868 0.894719 0.033757 0.028409 0.043115 0.287901 0.332711 0.054145 0.325243 0.969576 0.000000 0.000000 0.030424 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.006679 0.647495 0.000000 0.345826 0.002600 0.002972 0.994428 0.000000 0.935360 0.012229 0.029700 0.022711 0.052021 0.060968 0.000000 0.887011 0.145740 0.495516 0.073244 0.285501 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/UN0487.1 MOTIF UN0488.1 CUX1::TBX21 letter-probability matrix: alength= 4 w= 12 nsites= 2053 E= 0 0.184608 0.157818 0.011203 0.646371 0.149743 0.702442 0.128535 0.019280 0.698421 0.031053 0.207895 0.062632 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.792712 0.009558 0.197730 0.000000 0.041252 0.943812 0.001422 0.013514 0.033788 0.862248 0.062378 0.041585 0.061571 0.603680 0.000000 0.334749 0.541854 0.073499 0.250306 0.134341 0.855026 0.018686 0.062500 0.063789 0.029872 0.026316 0.000000 0.943812 0.484307 0.189051 0.136131 0.190511 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/UN0488.1 MOTIF MA0755.1 CUX2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 62500 E= 0 0.129776 0.073168 0.067952 0.729104 0.527657 0.058672 0.272507 0.141163 0.975698 0.005353 0.011562 0.007387 0.009902 0.038058 0.010026 0.942014 0.001592 0.980548 0.002023 0.015837 0.298161 0.004505 0.688779 0.008555 0.990803 0.001500 0.003544 0.004153 0.008551 0.006003 0.001425 0.984020 0.591936 0.152371 0.098554 0.157139 0.434694 0.209217 0.110950 0.245139 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0755.1 MOTIF UN0444.1 Cdx letter-probability matrix: alength= 4 w= 22 nsites= 1000 E= 0 0.277000 0.195000 0.218000 0.310000 0.279000 0.197000 0.225000 0.299000 0.285714 0.201798 0.227772 0.284715 0.264000 0.207000 0.239000 0.290000 0.267000 0.213000 0.233000 0.287000 0.285285 0.198198 0.257257 0.259259 0.284000 0.145000 0.231000 0.340000 0.092000 0.027000 0.047000 0.834000 0.089910 0.015984 0.018981 0.875125 0.131000 0.013000 0.028000 0.828000 0.966000 0.006000 0.013000 0.015000 0.037037 0.042042 0.026026 0.894895 0.093000 0.019000 0.230000 0.658000 0.201000 0.020000 0.740000 0.039000 0.085000 0.600000 0.148000 0.167000 0.217782 0.243756 0.278721 0.259740 0.203000 0.231000 0.298000 0.268000 0.218218 0.199199 0.269269 0.313313 0.281281 0.181181 0.255255 0.282282 0.282000 0.174000 0.249000 0.295000 0.288000 0.167000 0.250000 0.295000 0.298000 0.161000 0.262000 0.279000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/UN0444.1 MOTIF MA0102.1 Cebpa letter-probability matrix: alength= 4 w= 12 nsites= 18 E= 0 0.166667 0.000000 0.000000 0.833333 0.055556 0.055556 0.222222 0.666667 0.222222 0.055556 0.333333 0.388889 0.111111 0.500000 0.111111 0.277778 0.222222 0.111111 0.555556 0.111111 0.111111 0.833333 0.000000 0.055556 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.333333 0.111111 0.555556 0.277778 0.333333 0.277778 0.111111 0.111111 0.277778 0.166667 0.444444 0.055556 0.333333 0.277778 0.333333 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0102.1