MEME version 4 ALPHABET= ACGT strands: + - Background letter frequencies A 0.25 C 0.25 G 0.25 T 0.25 MOTIF MA0078.1 Sox17 letter-probability matrix: alength= 4 w= 9 nsites= 31 E= 0 0.225806 0.290323 0.193548 0.290323 0.258065 0.258065 0.129032 0.354839 0.096774 0.580645 0.032258 0.290323 0.967742 0.000000 0.000000 0.032258 0.000000 0.032258 0.000000 0.967742 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.064516 0.935484 0.000000 0.548387 0.322581 0.129032 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0078.1 MOTIF MA0078.2 Sox17 letter-probability matrix: alength= 4 w= 14 nsites= 12287 E= 0 0.278180 0.214292 0.272564 0.234964 0.282412 0.274274 0.253601 0.189713 0.637747 0.077887 0.153740 0.130626 0.221372 0.072027 0.540246 0.166355 0.708717 0.090421 0.127045 0.073818 0.961830 0.010092 0.013266 0.014812 0.022056 0.914869 0.039880 0.023195 0.968992 0.011394 0.008546 0.011069 0.946854 0.020998 0.022870 0.009278 0.081794 0.011231 0.015382 0.891593 0.107756 0.020428 0.833483 0.038333 0.099617 0.082363 0.747213 0.070807 0.299748 0.274518 0.246114 0.179621 0.273297 0.258485 0.224302 0.243916 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0078.2 MOTIF MA0143.1 Sox2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 667 E= 0 0.040480 0.665667 0.133433 0.160420 0.029895 0.677130 0.032885 0.260090 0.488789 0.010463 0.005979 0.494768 0.002990 0.014948 0.010463 0.971599 0.020927 0.001495 0.008969 0.968610 0.056801 0.124066 0.790732 0.028401 0.127246 0.005988 0.013473 0.853293 0.095808 0.290419 0.115269 0.498503 0.612613 0.186186 0.057057 0.144144 0.039039 0.058559 0.039039 0.863363 0.040602 0.115789 0.667669 0.175940 0.048120 0.634586 0.126316 0.190977 0.641566 0.061747 0.054217 0.242470 0.551205 0.100904 0.236446 0.111446 0.730422 0.090361 0.091867 0.087349 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0143.1 MOTIF MA0143.2 Sox2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 669 E= 0 0.040359 0.666667 0.133034 0.159940 0.029895 0.678625 0.032885 0.258595 0.491779 0.008969 0.004484 0.494768 0.002990 0.014948 0.008969 0.973094 0.020927 0.000000 0.008969 0.970105 0.053812 0.124066 0.793722 0.028401 0.127246 0.005988 0.011976 0.854790 0.094311 0.291916 0.113772 0.500000 0.611111 0.187688 0.057057 0.144144 0.039039 0.055556 0.039039 0.866366 0.039098 0.115789 0.669173 0.175940 0.046617 0.636090 0.126316 0.190977 0.641566 0.063253 0.055723 0.239458 0.552711 0.100904 0.234940 0.111446 0.732628 0.090634 0.089124 0.087613 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0143.2 MOTIF MA0143.3 Sox2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 8 nsites= 1476 E= 0 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.453252 0.000000 0.000000 0.546748 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.283875 0.201220 0.514905 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0143.3 MOTIF MA0514.1 Sox3 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 2067 E= 0 0.000000 0.719400 0.159652 0.120948 0.000000 0.750847 0.000000 0.249153 0.126754 0.000000 0.000000 0.873246 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.069666 0.930334 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.337687 0.122883 0.539429 0.009192 0.412675 0.010643 0.567489 0.020319 0.316401 0.184809 0.478471 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0514.1 MOTIF MA0514.2 Sox3 letter-probability matrix: alength= 4 w= 11 nsites= 11978 E= 0 0.312657 0.153114 0.290366 0.243864 0.341626 0.231842 0.246285 0.180247 0.981883 0.004341 0.006345 0.007430 0.012523 0.928786 0.014861 0.043830 0.942060 0.026048 0.007764 0.024128 0.970362 0.011939 0.011939 0.005761 0.047838 0.012523 0.008683 0.930957 0.134997 0.011104 0.838287 0.015612 0.146853 0.132075 0.639840 0.081232 0.287444 0.284438 0.243363 0.184755 0.288445 0.241025 0.242945 0.227584 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0514.2 MOTIF MA0087.1 Sox5 letter-probability matrix: alength= 4 w= 7 nsites= 23 E= 0 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.043478 0.956522 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.043478 0.000000 0.956522 0.000000 0.000000 0.043478 0.000000 0.956522 0.043478 0.043478 0.000000 0.913043 0.347826 0.130435 0.173913 0.347826 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0087.1 MOTIF MA0087.2 Sox5 letter-probability matrix: alength= 4 w= 13 nsites= 124 E= 0 0.250000 0.193548 0.387097 0.169355 0.427419 0.177419 0.274194 0.120968 0.217742 0.258065 0.387097 0.137097 0.838710 0.032258 0.096774 0.032258 0.983871 0.000000 0.008065 0.008065 0.000000 0.967742 0.016129 0.016129 0.967742 0.016129 0.016129 0.000000 0.919355 0.040323 0.032258 0.008065 0.048387 0.024194 0.008065 0.919355 0.161290 0.000000 0.814516 0.024194 0.104839 0.112903 0.725806 0.056452 0.177419 0.290323 0.322581 0.209677 0.298387 0.274194 0.209677 0.217742 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0087.2 MOTIF MA0515.1 Sox6 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 249 E= 0 0.016064 0.558233 0.200803 0.224900 0.000000 0.887550 0.000000 0.112450 0.646586 0.000000 0.000000 0.353414 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.461847 0.020080 0.518072 0.016064 0.449799 0.000000 0.534137 0.056225 0.305221 0.124498 0.514056 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0515.1