MEME version 4 ALPHABET= ACGT strands: + - Background letter frequencies A 0.25 C 0.25 G 0.25 T 0.25 MOTIF MA0631.1 Six3 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 99 E= 0 0.333333 0.090909 0.363636 0.212121 0.720000 0.080000 0.080000 0.120000 0.230000 0.050000 0.170000 0.550000 0.474747 0.101010 0.323232 0.101010 0.070000 0.070000 0.820000 0.040000 0.019802 0.019802 0.891089 0.069307 0.160000 0.010000 0.830000 0.000000 0.000000 0.000000 0.040404 0.959596 0.970000 0.000000 0.030000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.010101 0.979798 0.000000 0.010101 0.920000 0.030000 0.030000 0.020000 0.190000 0.450000 0.090000 0.270000 0.250000 0.230000 0.200000 0.320000 0.404040 0.080808 0.111111 0.404040 0.336634 0.217822 0.178218 0.267327 0.079208 0.108911 0.237624 0.574257 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0631.1 MOTIF MA1912.1 Six3/6 letter-probability matrix: alength= 4 w= 20 nsites= 1000 E= 0 0.260000 0.242000 0.222000 0.276000 0.226773 0.205794 0.247752 0.319680 0.225000 0.185000 0.348000 0.242000 0.325000 0.181000 0.174000 0.320000 0.412587 0.194805 0.158841 0.233766 0.409409 0.187187 0.145145 0.258258 0.309000 0.175000 0.208000 0.308000 0.038038 0.086086 0.042042 0.833834 0.051948 0.025974 0.889111 0.032967 0.964000 0.010000 0.009000 0.017000 0.021000 0.051000 0.009000 0.919000 0.930000 0.049000 0.012000 0.009000 0.021021 0.710711 0.072072 0.196196 0.177000 0.351000 0.290000 0.182000 0.189810 0.301698 0.264735 0.243756 0.242242 0.264264 0.234234 0.259259 0.267000 0.212000 0.184000 0.337000 0.307000 0.255000 0.172000 0.266000 0.297702 0.246753 0.185814 0.269730 0.268000 0.265000 0.203000 0.264000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1912.1 MOTIF MA0204.1 Six4 letter-probability matrix: alength= 4 w= 6 nsites= 20 E= 0 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.350000 0.200000 0.450000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.050000 0.950000 0.000000 0.000000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0204.1 MOTIF MA2001.1 Six4 letter-probability matrix: alength= 4 w= 11 nsites= 4291 E= 0 0.163365 0.109765 0.593102 0.133768 0.348404 0.146586 0.181543 0.323468 0.946866 0.023072 0.013284 0.016779 0.925192 0.026101 0.014449 0.034258 0.048707 0.817059 0.026800 0.107434 0.111862 0.781170 0.026567 0.080401 0.047075 0.062456 0.048940 0.841529 0.028898 0.034025 0.910277 0.026800 0.961081 0.014449 0.012118 0.012351 0.194593 0.259147 0.288744 0.257516 0.313214 0.326730 0.159869 0.200186 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA2001.1 MOTIF MA1153.1 Smad4 letter-probability matrix: alength= 4 w= 8 nsites= 999 E= 0 0.088235 0.250000 0.080882 0.580883 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.595588 0.000000 0.404412 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.492647 0.272059 0.125000 0.110294 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1153.1 MOTIF UN0104.1 Smp_097750 letter-probability matrix: alength= 4 w= 8 nsites= 998 E= 0 0.009018 0.009018 0.009018 0.972946 0.972946 0.009018 0.009018 0.009018 0.009018 0.009018 0.972946 0.009018 0.972946 0.009018 0.009018 0.009018 0.009018 0.009018 0.009018 0.972946 0.972946 0.009018 0.009018 0.009018 0.009018 0.009018 0.972946 0.009018 0.972946 0.009018 0.009018 0.009018 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/UN0104.1 MOTIF MA1914.1 Snail letter-probability matrix: alength= 4 w= 20 nsites= 1000 E= 0 0.268000 0.287000 0.229000 0.216000 0.261261 0.310310 0.223223 0.205205 0.261000 0.310000 0.215000 0.214000 0.267000 0.278000 0.234000 0.221000 0.273273 0.251251 0.252252 0.223223 0.214000 0.263000 0.171000 0.352000 0.294705 0.192807 0.420579 0.091908 0.036036 0.921922 0.007007 0.035035 0.980020 0.008991 0.005994 0.004995 0.006000 0.982000 0.006000 0.006000 0.014985 0.913087 0.021978 0.049950 0.030000 0.010000 0.011000 0.949000 0.021021 0.016016 0.922923 0.040040 0.208000 0.424000 0.097000 0.271000 0.264000 0.335000 0.138000 0.263000 0.266266 0.343343 0.197197 0.193193 0.245000 0.340000 0.209000 0.206000 0.251000 0.319000 0.205000 0.225000 0.255000 0.316000 0.209000 0.220000 0.268268 0.306306 0.208208 0.217217 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1914.1 MOTIF MA0870.1 Sox1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 2316 E= 0 0.591105 0.170984 0.153713 0.084197 0.930868 0.020498 0.014469 0.034164 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.991863 0.005139 0.000000 0.002998 0.876941 0.123059 0.000000 0.000000 0.005582 0.000000 0.000000 0.994418 0.627612 0.001866 0.133955 0.236567 0.337505 0.219249 0.226586 0.216659 0.001664 0.963394 0.021215 0.013727 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.095312 0.904687 0.000000 0.006009 0.000000 0.993991 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.029119 0.095835 0.021379 0.853668 0.095896 0.142117 0.114471 0.647516 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0870.1 MOTIF MA0869.1 Sox11 letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 305 E= 0 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.003268 0.000000 0.996732 0.050617 0.048148 0.376543 0.524691 0.000000 0.996732 0.000000 0.003268 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.754950 0.245050 0.000000 0.000000 0.006515 0.993485 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.003077 0.043077 0.015385 0.938462 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0869.1 MOTIF MA0869.2 Sox11 letter-probability matrix: alength= 4 w= 12 nsites= 10248 E= 0 0.281421 0.238778 0.298400 0.181401 0.406226 0.095043 0.303669 0.195062 0.098946 0.074551 0.786788 0.039715 0.772053 0.074746 0.126659 0.026542 0.961749 0.009758 0.020589 0.007904 0.011612 0.924180 0.048888 0.015320 0.977752 0.010539 0.004781 0.006928 0.944184 0.025761 0.024200 0.005855 0.905152 0.005952 0.022736 0.066159 0.049375 0.014442 0.925644 0.010539 0.316550 0.226483 0.384075 0.072892 0.345628 0.273224 0.256343 0.124805 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0869.2