MEME version 4 ALPHABET= ACGT strands: + - Background letter frequencies A 0.25 C 0.25 G 0.25 T 0.25 MOTIF MA0509.1 Rfx1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 14 nsites= 2138 E= 0 0.135641 0.073433 0.716558 0.074369 0.027128 0.103835 0.176333 0.692703 0.067820 0.389616 0.061272 0.481291 0.196913 0.202526 0.356408 0.244153 0.017306 0.817587 0.044902 0.120206 0.000000 0.957905 0.000000 0.042095 0.586529 0.188026 0.034144 0.191300 0.064546 0.053789 0.044902 0.836763 0.282507 0.000000 0.717493 0.000000 0.086997 0.000000 0.913003 0.000000 0.134238 0.799813 0.005613 0.060337 0.838634 0.000000 0.114125 0.047240 0.973807 0.000000 0.026193 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0509.1 MOTIF MA1724.1 Rfx6 letter-probability matrix: alength= 4 w= 13 nsites= 8550 E= 0 0.235673 0.238947 0.146082 0.379298 0.229240 0.242105 0.235673 0.292982 0.021871 0.919181 0.027135 0.031813 0.127836 0.749123 0.028304 0.094737 0.040234 0.124678 0.017076 0.818012 0.843860 0.007485 0.140936 0.007719 0.020936 0.011930 0.960819 0.006316 0.044211 0.874152 0.041988 0.039649 0.945614 0.013684 0.015439 0.025263 0.905263 0.030175 0.039649 0.024912 0.064561 0.796608 0.064561 0.074269 0.321053 0.339415 0.163392 0.176140 0.265263 0.222807 0.344444 0.167485 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1724.1 MOTIF MA0629.1 Rhox11 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 100 E= 0 0.540000 0.130000 0.150000 0.180000 0.326733 0.277228 0.227723 0.168317 0.171717 0.111111 0.383838 0.333333 0.300000 0.280000 0.230000 0.190000 0.130000 0.560000 0.060000 0.250000 0.030000 0.010000 0.950000 0.010000 0.090000 0.760000 0.150000 0.000000 0.009901 0.000000 0.009901 0.980198 0.040000 0.000000 0.940000 0.020000 0.009901 0.009901 0.000000 0.980198 0.565657 0.000000 0.000000 0.434343 0.780000 0.040000 0.030000 0.150000 0.525253 0.101010 0.010101 0.363636 0.313131 0.111111 0.333333 0.242424 0.240000 0.360000 0.280000 0.120000 0.310000 0.160000 0.430000 0.100000 0.414141 0.131313 0.101010 0.353535 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0629.1 MOTIF MA0002.2 Runx1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 11 nsites= 2000 E= 0 0.143500 0.248000 0.348000 0.260500 0.117000 0.242500 0.233500 0.407000 0.061500 0.536000 0.074500 0.328000 0.028500 0.000000 0.003500 0.968000 0.000000 0.037500 0.936000 0.026500 0.043500 0.063500 0.035000 0.858000 0.000000 0.000000 0.993500 0.006500 0.008500 0.021000 0.924000 0.046500 0.005000 0.200000 0.125500 0.669500 0.065500 0.231500 0.040500 0.662500 0.250000 0.079000 0.144500 0.526500 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0002.2 MOTIF MA0202.1 Rx letter-probability matrix: alength= 4 w= 7 nsites= 27 E= 0 0.111111 0.481481 0.000000 0.407407 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.629630 0.000000 0.370370 0.000000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0202.1 MOTIF MA0512.1 Rxra letter-probability matrix: alength= 4 w= 11 nsites= 5348 E= 0 0.051982 0.845363 0.057031 0.045625 0.776739 0.078160 0.001683 0.143418 0.490464 0.047120 0.462416 0.000000 0.911930 0.000000 0.088070 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.725879 0.274121 0.000000 0.109013 0.120232 0.770755 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.215034 0.200075 0.436799 0.148093 0.306657 0.138743 0.293381 0.261219 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0512.1 MOTIF MA0512.2 Rxra letter-probability matrix: alength= 4 w= 14 nsites= 50494 E= 0 0.248901 0.099636 0.610191 0.041272 0.410276 0.003844 0.584439 0.001442 0.002847 0.001993 0.991045 0.004115 0.003220 0.001757 0.888363 0.106660 0.001143 0.002651 0.009046 0.987161 0.002033 0.929563 0.012096 0.056308 0.995862 0.001099 0.002586 0.000453 0.972359 0.001911 0.017826 0.007903 0.968733 0.001562 0.029298 0.000407 0.000976 0.001777 0.995971 0.001276 0.001512 0.002040 0.916411 0.080037 0.001092 0.002829 0.006627 0.989452 0.001373 0.952346 0.007586 0.038695 0.943841 0.003358 0.052014 0.000786 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0512.2 MOTIF UN0379.1 S1FA3 letter-probability matrix: alength= 4 w= 12 nsites= 1980 E= 0 0.207071 0.187374 0.355051 0.250505 0.240404 0.289394 0.211111 0.259091 0.048990 0.040909 0.017172 0.892929 0.019697 0.004545 0.002525 0.973232 0.008586 0.967172 0.011616 0.012626 0.029293 0.544444 0.059596 0.366667 0.930303 0.008081 0.051515 0.010101 0.019192 0.015152 0.955556 0.010101 0.981313 0.002020 0.007576 0.009091 0.909091 0.009596 0.034848 0.046465 0.259091 0.191414 0.316667 0.232828 0.233333 0.383333 0.184343 0.198990 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/UN0379.1 MOTIF MA1963.1 SATB1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 13 nsites= 34224 E= 0 0.339265 0.140457 0.136600 0.383678 0.327519 0.125175 0.150275 0.397031 0.333158 0.155446 0.231475 0.279921 0.007655 0.967800 0.004091 0.020453 0.014376 0.005698 0.001081 0.978845 0.983813 0.004792 0.006457 0.004938 0.955704 0.003360 0.003506 0.037430 0.008415 0.003740 0.003594 0.984251 0.935279 0.014171 0.025976 0.024573 0.895863 0.025742 0.031294 0.047101 0.254675 0.385577 0.075444 0.284303 0.355745 0.140340 0.110624 0.393291 0.384905 0.137769 0.163482 0.313844 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1963.1 MOTIF UN0101.1 SCHCODRAFT_110010 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 998 E= 0 0.250501 0.143287 0.143287 0.462926 0.333667 0.137275 0.049098 0.479960 0.000000 0.426426 0.000000 0.573574 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.911824 0.000000 0.088176 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.106212 0.288577 0.205411 0.399800 0.200602 0.398195 0.200602 0.200602 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/UN0101.1