MEME version 4 ALPHABET= ACGT strands: + - Background letter frequencies A 0.25 C 0.25 G 0.25 T 0.25 MOTIF MA0067.1 Pax2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 8 nsites= 31 E= 0 0.322581 0.225806 0.161290 0.290323 0.225806 0.032258 0.677419 0.064516 0.096774 0.064516 0.000000 0.838710 0.000000 0.903226 0.032258 0.064516 0.838710 0.032258 0.096774 0.032258 0.064516 0.548387 0.032258 0.354839 0.064516 0.000000 0.612903 0.322581 0.032258 0.354839 0.354839 0.258065 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0067.1 MOTIF UN0462.1 Pax2-5-8-a letter-probability matrix: alength= 4 w= 22 nsites= 1000 E= 0 0.176000 0.419000 0.148000 0.257000 0.426000 0.219000 0.225000 0.130000 0.226000 0.227000 0.346000 0.201000 0.118118 0.232232 0.150150 0.499499 0.167000 0.327000 0.331000 0.175000 0.557000 0.077000 0.247000 0.119000 0.414000 0.182000 0.123000 0.281000 0.056000 0.188000 0.704000 0.052000 0.017000 0.916000 0.020000 0.047000 0.113113 0.010010 0.818819 0.058058 0.027000 0.028000 0.047000 0.898000 0.178000 0.161000 0.570000 0.091000 0.867000 0.027000 0.056000 0.050000 0.090000 0.861000 0.012000 0.037000 0.050000 0.126000 0.749000 0.075000 0.182000 0.285000 0.376000 0.157000 0.246000 0.178000 0.201000 0.375000 0.165000 0.294000 0.133000 0.408000 0.295704 0.323676 0.198801 0.181818 0.342000 0.267000 0.224000 0.167000 0.211000 0.273000 0.271000 0.245000 0.149850 0.295704 0.320679 0.233766 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/UN0462.1 MOTIF UN0463.1 Pax3-7-like letter-probability matrix: alength= 4 w= 20 nsites= 1000 E= 0 0.280000 0.212000 0.225000 0.283000 0.286286 0.213213 0.221221 0.279279 0.314000 0.218000 0.217000 0.251000 0.313000 0.214000 0.227000 0.246000 0.279000 0.209000 0.209000 0.303000 0.255000 0.174000 0.151000 0.420000 0.456000 0.165000 0.211000 0.168000 0.915000 0.023000 0.026000 0.036000 0.048000 0.040000 0.029000 0.883000 0.031000 0.118000 0.057000 0.794000 0.146000 0.053000 0.749000 0.052000 0.876000 0.032000 0.049000 0.043000 0.028971 0.020979 0.020979 0.929071 0.161000 0.202000 0.158000 0.479000 0.390000 0.153000 0.181000 0.276000 0.297702 0.201798 0.211788 0.288711 0.242000 0.219000 0.220000 0.319000 0.234000 0.206000 0.226000 0.334000 0.266733 0.211788 0.218781 0.302697 0.266266 0.217217 0.221221 0.295295 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/UN0463.1 MOTIF MA0068.1 Pax4 letter-probability matrix: alength= 4 w= 30 nsites= 21 E= 0 0.333333 0.095238 0.523810 0.047619 0.952381 0.000000 0.047619 0.000000 0.761905 0.095238 0.047619 0.095238 0.523810 0.047619 0.047619 0.380952 0.619048 0.047619 0.142857 0.190476 0.523810 0.142857 0.047619 0.285714 0.285714 0.047619 0.095238 0.571429 0.428571 0.047619 0.047619 0.476190 0.238095 0.142857 0.285714 0.333333 0.238095 0.523810 0.047619 0.190476 0.285714 0.523810 0.190476 0.000000 0.333333 0.333333 0.238095 0.095238 0.380952 0.333333 0.095238 0.190476 0.285714 0.238095 0.047619 0.428571 0.476190 0.238095 0.190476 0.095238 0.190476 0.380952 0.190476 0.238095 0.142857 0.285714 0.190476 0.380952 0.333333 0.380952 0.142857 0.142857 0.190476 0.428571 0.142857 0.238095 0.428571 0.285714 0.095238 0.190476 0.238095 0.333333 0.238095 0.190476 0.238095 0.285714 0.095238 0.380952 0.333333 0.523810 0.000000 0.142857 0.285714 0.428571 0.047619 0.238095 0.142857 0.571429 0.095238 0.190476 0.333333 0.428571 0.095238 0.142857 0.142857 0.571429 0.095238 0.190476 0.047619 0.523810 0.142857 0.285714 0.285714 0.523810 0.047619 0.142857 0.142857 0.619048 0.095238 0.142857 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0068.1 MOTIF MA0014.1 Pax5 letter-probability matrix: alength= 4 w= 20 nsites= 12 E= 0 0.333333 0.083333 0.333333 0.250000 0.333333 0.000000 0.666667 0.000000 0.333333 0.250000 0.250000 0.166667 0.083333 0.166667 0.416667 0.333333 0.166667 0.583333 0.083333 0.166667 0.583333 0.166667 0.083333 0.166667 0.166667 0.416667 0.250000 0.166667 0.000000 0.250000 0.166667 0.583333 0.083333 0.166667 0.666667 0.083333 0.500000 0.083333 0.250000 0.166667 0.500000 0.000000 0.166667 0.333333 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.166667 0.666667 0.083333 0.083333 0.250000 0.000000 0.750000 0.000000 0.083333 0.000000 0.333333 0.583333 0.500000 0.083333 0.416667 0.000000 0.416667 0.083333 0.416667 0.083333 0.166667 0.833333 0.000000 0.000000 0.166667 0.416667 0.416667 0.000000 0.416667 0.000000 0.500000 0.083333 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0014.1 MOTIF UN0464.1 Pax6 letter-probability matrix: alength= 4 w= 20 nsites= 1000 E= 0 0.292000 0.174000 0.236000 0.298000 0.314000 0.184000 0.254000 0.248000 0.256743 0.234765 0.201798 0.306693 0.222222 0.239239 0.220220 0.318318 0.238000 0.216000 0.231000 0.315000 0.335335 0.221221 0.279279 0.164164 0.375000 0.191000 0.255000 0.179000 0.069930 0.107892 0.081918 0.740260 0.033000 0.057000 0.026000 0.884000 0.872128 0.050949 0.056943 0.019980 0.923000 0.023000 0.030000 0.024000 0.048000 0.027000 0.029000 0.896000 0.035000 0.066000 0.088000 0.811000 0.386613 0.157842 0.270729 0.184815 0.315000 0.208000 0.321000 0.156000 0.235235 0.220220 0.277277 0.267267 0.181000 0.291000 0.213000 0.315000 0.286000 0.209000 0.223000 0.282000 0.325000 0.182000 0.211000 0.282000 0.286000 0.198000 0.235000 0.281000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/UN0464.1 MOTIF MA0680.2 Pax7 letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 41429 E= 0 0.354776 0.165005 0.219556 0.260663 0.286756 0.178160 0.158585 0.376500 0.225977 0.085013 0.076010 0.613001 0.932149 0.020710 0.021820 0.025320 0.941611 0.016269 0.017355 0.024765 0.021048 0.026358 0.020058 0.932535 0.027807 0.750416 0.032731 0.189046 0.853364 0.041541 0.088754 0.016341 0.938521 0.013083 0.026431 0.021965 0.026214 0.010379 0.011924 0.951483 0.026745 0.043569 0.017089 0.912597 0.775809 0.037438 0.038910 0.147843 0.335731 0.128799 0.150643 0.384827 0.252625 0.229284 0.175746 0.342345 0.291100 0.201888 0.162085 0.344927 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0680.2 MOTIF MA1702.1 Pdp1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 12 nsites= 4816 E= 0 0.304817 0.157600 0.236919 0.300664 0.383721 0.158846 0.282807 0.174626 0.026163 0.009551 0.013289 0.950997 0.022841 0.010174 0.024709 0.942276 0.927741 0.007267 0.045266 0.019726 0.022633 0.070598 0.015365 0.891404 0.068729 0.015781 0.876453 0.039037 0.031977 0.681478 0.016404 0.270141 0.954734 0.018272 0.014743 0.012251 0.956395 0.012458 0.014120 0.017027 0.189784 0.262251 0.144103 0.403862 0.292151 0.245640 0.166528 0.295681 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1702.1 MOTIF MA0132.1 Pdx1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 6 nsites= 31 E= 0 0.032258 0.612903 0.161290 0.193548 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.032258 0.967742 0.032258 0.032258 0.322581 0.612903 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0132.1 MOTIF MA0681.1 Phox2b letter-probability matrix: alength= 4 w= 11 nsites= 29284 E= 0 0.123071 0.058394 0.020865 0.797671 0.851400 0.009841 0.096807 0.041952 0.996077 0.001066 0.002686 0.000171 0.050523 0.262326 0.025629 0.661522 0.032161 0.369132 0.181181 0.417525 0.109420 0.362824 0.075030 0.452727 0.796665 0.037857 0.144879 0.020600 0.970501 0.008891 0.016370 0.004238 0.000000 0.000385 0.000000 0.999615 0.058112 0.043373 0.001919 0.896595 0.847108 0.007325 0.039964 0.105603 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0681.1