MEME version 4 ALPHABET= ACGT strands: + - Background letter frequencies A 0.25 C 0.25 G 0.25 T 0.25 MOTIF MA1996.1 Nr1H2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 11 nsites= 8971 E= 0 0.210233 0.304648 0.224501 0.260618 0.289934 0.233084 0.207112 0.269870 0.449002 0.149370 0.311671 0.089957 0.952960 0.021291 0.014714 0.011036 0.009809 0.019061 0.949838 0.021291 0.010144 0.004013 0.974250 0.011593 0.006800 0.003901 0.004570 0.984729 0.016386 0.945602 0.008026 0.029986 0.963326 0.005685 0.026864 0.004124 0.183703 0.307324 0.247910 0.261063 0.276446 0.230632 0.251366 0.241556 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1996.1 MOTIF MA1110.2 Nr1H4 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 4736 E= 0 0.255490 0.266470 0.261613 0.216427 0.243666 0.259079 0.358953 0.138302 0.970650 0.017525 0.010346 0.001478 0.002745 0.031672 0.959037 0.006546 0.006546 0.000845 0.986275 0.006334 0.000211 0.000000 0.000000 0.999789 0.034417 0.918708 0.002111 0.044764 0.968961 0.006123 0.024916 0.000000 0.185389 0.285473 0.301309 0.227829 0.207770 0.233108 0.256334 0.302787 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1110.2 MOTIF MA0494.1 Nr1h3::Rxra letter-probability matrix: alength= 4 w= 19 nsites= 1269 E= 0 0.000000 0.039401 0.022065 0.938534 0.110323 0.023641 0.858156 0.007880 0.581560 0.191489 0.107959 0.118991 0.193853 0.765169 0.000000 0.040977 0.045705 0.851064 0.002364 0.100867 0.061466 0.246651 0.100867 0.591017 0.282112 0.250591 0.270292 0.197006 0.294720 0.202522 0.264775 0.237983 0.625690 0.000000 0.252955 0.121355 0.219070 0.014972 0.711584 0.054374 0.060678 0.000000 0.003152 0.936170 0.440504 0.060678 0.346730 0.152088 0.709220 0.139480 0.151300 0.000000 0.200946 0.758077 0.015760 0.025217 0.092199 0.819543 0.000000 0.088258 0.008668 0.395587 0.033097 0.562648 0.106383 0.400315 0.154452 0.338849 0.221434 0.154452 0.262411 0.361702 0.186761 0.228526 0.345942 0.238771 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0494.1 MOTIF MA0728.1 Nr2F6 letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 288 E= 0 0.347222 0.055556 0.597222 0.000000 0.825545 0.000000 0.165109 0.009346 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.005435 0.000000 0.994565 0.000000 0.000000 0.000000 0.002639 0.997361 0.000000 0.927677 0.001391 0.070932 0.940952 0.057143 0.000000 0.001905 0.953052 0.009390 0.016432 0.021127 0.518868 0.000000 0.295597 0.185535 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.968750 0.031250 0.005391 0.000000 0.000000 0.994609 0.000000 0.995595 0.000000 0.004405 0.980220 0.000000 0.019780 0.000000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0728.1 MOTIF MA0676.1 Nr2e1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 9 nsites= 1954 E= 0 0.572160 0.124872 0.097748 0.205220 0.552372 0.043972 0.221344 0.182312 0.902341 0.000807 0.081517 0.015335 0.934002 0.000000 0.061821 0.004177 0.034305 0.000000 0.958834 0.006861 0.000000 0.049320 0.000000 0.950680 0.008779 0.892259 0.009577 0.089385 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.693118 0.081215 0.072536 0.153131 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0676.1 MOTIF MA0164.1 Nr2e3 letter-probability matrix: alength= 4 w= 7 nsites= 23 E= 0 0.173913 0.521739 0.086957 0.217391 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.043478 0.956522 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0164.1 MOTIF MA0677.1 Nr2f6 letter-probability matrix: alength= 4 w= 14 nsites= 438 E= 0 0.347032 0.155251 0.372146 0.125571 0.552430 0.028133 0.404092 0.015345 0.028571 0.020000 0.891429 0.060000 0.031609 0.022989 0.876437 0.068966 0.013825 0.041475 0.057604 0.887097 0.018092 0.860197 0.029605 0.092105 0.953782 0.012605 0.016807 0.016807 0.828460 0.021442 0.081871 0.068226 0.924025 0.004107 0.071869 0.000000 0.006079 0.006079 0.972644 0.015198 0.011940 0.002985 0.937313 0.047761 0.004484 0.022422 0.033632 0.939462 0.001439 0.883453 0.030216 0.084892 0.885602 0.013807 0.086785 0.013807 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0677.1 MOTIF MA0505.2 Nr5A2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 13 nsites= 30542 E= 0 0.259184 0.297165 0.255255 0.188396 0.131622 0.102089 0.075404 0.690885 0.066531 0.028453 0.889202 0.015814 0.651169 0.038799 0.220549 0.089483 0.010707 0.977474 0.004060 0.007760 0.009790 0.973545 0.005435 0.011230 0.011918 0.022723 0.011754 0.953605 0.008709 0.011067 0.009331 0.970893 0.011132 0.028485 0.949840 0.010543 0.863401 0.021118 0.078646 0.036835 0.448759 0.293301 0.173270 0.084670 0.175103 0.480355 0.137221 0.207321 0.172418 0.195239 0.142099 0.490243 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0505.2 MOTIF MA0505.1 Nr5a2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 1702 E= 0 0.378966 0.131610 0.372503 0.116921 0.578731 0.099882 0.197415 0.123972 0.162162 0.116334 0.581669 0.139835 0.071680 0.222092 0.215041 0.491187 0.041716 0.206228 0.013514 0.738543 0.004700 0.949471 0.043478 0.002350 0.990012 0.008226 0.000000 0.001763 0.986486 0.000000 0.013514 0.000000 0.022914 0.000000 0.977086 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.099295 0.343126 0.035840 0.521739 0.000000 0.921269 0.007051 0.071680 0.844301 0.011751 0.052879 0.091069 0.159224 0.202703 0.434783 0.203290 0.146298 0.407168 0.266745 0.179788 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0505.1 MOTIF MA0506.2 Nrf1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 12729 E= 0 0.172441 0.268521 0.387383 0.171655 0.196716 0.336554 0.203237 0.263493 0.101265 0.566266 0.261607 0.070862 0.058449 0.143845 0.067877 0.729830 0.034960 0.026632 0.930238 0.008170 0.032053 0.925682 0.026946 0.015319 0.022468 0.015162 0.944772 0.017598 0.011548 0.930002 0.040066 0.018383 0.340325 0.430120 0.197502 0.032053 0.010056 0.045330 0.035038 0.909577 0.005342 0.019719 0.968183 0.006756 0.010291 0.953963 0.015791 0.019954 0.021526 0.045251 0.877445 0.055778 0.033467 0.664703 0.079189 0.222641 0.326577 0.196480 0.376306 0.100636 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0506.2