MEME version 4 ALPHABET= ACGT strands: + - Background letter frequencies A 0.25 C 0.25 G 0.25 T 0.25 MOTIF UN0458.1 Nkx2-3-5-6 letter-probability matrix: alength= 4 w= 20 nsites= 1000 E= 0 0.233000 0.184000 0.289000 0.294000 0.239760 0.196803 0.285714 0.277722 0.251251 0.196196 0.282282 0.270270 0.234000 0.202000 0.253000 0.311000 0.140000 0.273000 0.274000 0.313000 0.224000 0.110000 0.092000 0.574000 0.073000 0.281000 0.139000 0.507000 0.918000 0.004000 0.062000 0.016000 0.984985 0.003003 0.007007 0.005005 0.005005 0.003003 0.976977 0.015015 0.047000 0.008000 0.016000 0.929000 0.037000 0.004000 0.949000 0.010000 0.038000 0.197000 0.630000 0.135000 0.186186 0.267267 0.225225 0.321321 0.206000 0.254000 0.189000 0.351000 0.231768 0.260739 0.216783 0.290709 0.234000 0.249000 0.214000 0.303000 0.238000 0.237000 0.209000 0.316000 0.257257 0.234234 0.214214 0.294294 0.271271 0.228228 0.213213 0.287287 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/UN0458.1 MOTIF MA0063.1 Nkx2-5 letter-probability matrix: alength= 4 w= 7 nsites= 17 E= 0 0.411765 0.000000 0.058824 0.529412 0.000000 0.235294 0.000000 0.764706 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.411765 0.588235 0.235294 0.117647 0.000000 0.647059 0.117647 0.058824 0.647059 0.176471 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0063.1 MOTIF MA1905.1 Nkx3 letter-probability matrix: alength= 4 w= 20 nsites= 1000 E= 0 0.265000 0.210000 0.217000 0.308000 0.261000 0.214000 0.227000 0.298000 0.262262 0.221221 0.240240 0.276276 0.251251 0.237237 0.245245 0.266266 0.249000 0.240000 0.221000 0.290000 0.280000 0.255000 0.226000 0.239000 0.328000 0.209000 0.246000 0.217000 0.080000 0.088000 0.097000 0.735000 0.041000 0.044000 0.023000 0.892000 0.896000 0.031000 0.042000 0.031000 0.913000 0.024000 0.031000 0.032000 0.048000 0.036000 0.042000 0.874000 0.057000 0.051000 0.100000 0.792000 0.380380 0.138138 0.278278 0.203203 0.260000 0.250000 0.265000 0.225000 0.239000 0.240000 0.253000 0.268000 0.259740 0.218781 0.253746 0.267732 0.278000 0.211000 0.242000 0.269000 0.261000 0.211000 0.243000 0.285000 0.269730 0.209790 0.240759 0.279720 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1905.1 MOTIF MA0124.2 Nkx3-1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 9 nsites= 5334 E= 0 0.457068 0.185789 0.255156 0.101987 0.117246 0.637624 0.212262 0.032867 0.000000 0.939095 0.001760 0.059145 0.976927 0.005127 0.001831 0.016114 0.010902 0.985772 0.001663 0.001663 0.000000 0.000187 0.000000 0.999813 0.000000 0.045446 0.000000 0.954554 0.846288 0.043306 0.027443 0.082963 0.513821 0.135510 0.205336 0.145334 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0124.2 MOTIF MA0122.1 Nkx3-2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 9 nsites= 24 E= 0 0.166667 0.291667 0.166667 0.375000 0.041667 0.166667 0.208333 0.583333 0.541667 0.041667 0.291667 0.125000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.250000 0.000000 0.750000 0.000000 0.166667 0.250000 0.500000 0.083333 0.375000 0.291667 0.208333 0.125000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0122.1 MOTIF MA0122.3 Nkx3-2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 13 nsites= 10220 E= 0 0.380333 0.144227 0.169863 0.305577 0.334736 0.157926 0.168982 0.338356 0.559100 0.093151 0.143444 0.204305 0.547750 0.108513 0.112916 0.230822 0.254795 0.496967 0.147162 0.101076 0.007730 0.968689 0.002250 0.021331 0.969374 0.008023 0.001859 0.020744 0.014775 0.975049 0.000978 0.009198 0.004892 0.003131 0.002838 0.989139 0.009295 0.013503 0.006654 0.970548 0.947162 0.014384 0.006654 0.031800 0.549902 0.096967 0.133855 0.219276 0.332387 0.203816 0.181018 0.282779 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0122.3 MOTIF MA0125.1 Nobox letter-probability matrix: alength= 4 w= 8 nsites= 38 E= 0 0.000000 0.026316 0.000000 0.973684 0.947368 0.000000 0.000000 0.052632 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.026316 0.026316 0.052632 0.894737 0.052632 0.000000 0.105263 0.842105 0.394737 0.000000 0.578947 0.026316 0.105263 0.315789 0.473684 0.105263 0.052632 0.342105 0.157895 0.447368 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0125.1 MOTIF MA1906.1 Noto letter-probability matrix: alength= 4 w= 20 nsites= 1000 E= 0 0.283000 0.201000 0.228000 0.288000 0.271000 0.209000 0.238000 0.282000 0.262262 0.223223 0.246246 0.268268 0.262737 0.232767 0.241758 0.262737 0.264000 0.244000 0.242000 0.250000 0.281000 0.246000 0.259000 0.214000 0.248000 0.253000 0.200000 0.299000 0.045954 0.032967 0.019980 0.901099 0.890891 0.026026 0.044044 0.039039 0.950000 0.009000 0.018000 0.023000 0.011000 0.017000 0.011000 0.961000 0.085000 0.060000 0.634000 0.221000 0.817000 0.049000 0.082000 0.052000 0.205794 0.227772 0.294705 0.271728 0.213786 0.260739 0.263736 0.261738 0.255000 0.248000 0.230000 0.267000 0.253000 0.228000 0.219000 0.300000 0.274000 0.220000 0.213000 0.293000 0.292000 0.210000 0.203000 0.295000 0.295000 0.206000 0.199000 0.300000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1906.1 MOTIF MA0626.1 Npas2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 1000 E= 0 0.273000 0.177000 0.293000 0.257000 0.154154 0.377377 0.420420 0.048048 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.081081 0.918919 0.000000 0.000000 0.081081 0.000000 0.918919 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.081081 0.000000 0.918919 0.000000 0.074000 0.172000 0.188000 0.566000 0.297000 0.299000 0.202000 0.202000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0626.1 MOTIF MA1995.1 Npas4 letter-probability matrix: alength= 4 w= 11 nsites= 8960 E= 0 0.284375 0.253683 0.250000 0.211942 0.263281 0.245201 0.263170 0.228348 0.060268 0.054911 0.078348 0.806473 0.037277 0.860826 0.064732 0.037165 0.057478 0.039062 0.889397 0.014063 0.013839 0.011830 0.028013 0.946317 0.006250 0.020536 0.960045 0.013170 0.832589 0.069420 0.040960 0.057031 0.045089 0.813839 0.072210 0.068862 0.272433 0.188504 0.173326 0.365737 0.218862 0.280804 0.276897 0.223438 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1995.1