MEME version 4 ALPHABET= ACGT strands: + - Background letter frequencies A 0.25 C 0.25 G 0.25 T 0.25 MOTIF MA1532.1 NR1D2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 1838 E= 0 0.401523 0.065832 0.498912 0.033732 0.016007 0.000445 0.735883 0.247666 0.024460 0.002275 0.941411 0.031854 0.002250 0.041404 0.211521 0.744824 0.014329 0.388771 0.005403 0.591496 0.932394 0.000000 0.016338 0.051268 0.142598 0.180665 0.522659 0.154079 0.033774 0.062653 0.093490 0.810083 0.442452 0.019665 0.514748 0.023135 0.005677 0.000000 0.671127 0.323195 0.023310 0.002331 0.964452 0.009907 0.062271 0.057234 0.122711 0.757784 0.012888 0.666532 0.053967 0.266613 0.713055 0.007755 0.238690 0.040500 0.235650 0.167976 0.276133 0.320242 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1532.1 MOTIF MA1532.2 NR1D2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 65541 E= 0 0.012267 0.028639 0.082834 0.876261 0.483311 0.015215 0.497326 0.004148 0.001035 0.001333 0.923374 0.074258 0.001750 0.000327 0.997318 0.000605 0.000440 0.007550 0.068139 0.923871 0.000425 0.495125 0.000213 0.504237 0.994919 0.000000 0.000033 0.005049 0.060107 0.117712 0.777078 0.045103 0.001081 0.007517 0.015631 0.975771 0.520535 0.005092 0.472900 0.001473 0.000891 0.000354 0.813411 0.185344 0.004263 0.001318 0.993297 0.001123 0.023377 0.035435 0.078309 0.862880 0.000645 0.873381 0.014200 0.111774 0.850589 0.000662 0.140660 0.008090 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1532.2 MOTIF MA0115.1 NR1H2::RXRA letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 25 E= 0 0.680000 0.200000 0.000000 0.120000 0.680000 0.040000 0.200000 0.080000 0.800000 0.000000 0.200000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.960000 0.040000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.960000 0.000000 0.000000 0.040000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.800000 0.040000 0.080000 0.080000 0.000000 0.600000 0.240000 0.160000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0115.1 MOTIF MA1110.1 NR1H4 letter-probability matrix: alength= 4 w= 11 nsites= 505 E= 0 0.150495 0.164356 0.231683 0.453465 0.134653 0.475248 0.172277 0.217822 0.912871 0.019802 0.023762 0.043564 0.817822 0.055446 0.071287 0.055446 0.005941 0.029703 0.011881 0.952475 0.047525 0.013861 0.914851 0.023762 0.900990 0.043564 0.027723 0.027723 0.051485 0.926733 0.000000 0.021782 0.023762 0.942574 0.011881 0.021782 0.142574 0.267327 0.160396 0.429703 0.267327 0.259406 0.207921 0.265347 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1110.1 MOTIF MA1146.1 NR1H4::RXRA letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 1000 E= 0 0.223000 0.172000 0.451000 0.154000 0.653654 0.055055 0.280280 0.011011 0.029000 0.015000 0.937000 0.019000 0.021978 0.008991 0.645355 0.323676 0.024000 0.049000 0.101000 0.826000 0.011011 0.875876 0.013013 0.100100 0.720721 0.013013 0.249249 0.017017 0.144000 0.121000 0.075000 0.660000 0.022977 0.091908 0.047952 0.837163 0.108000 0.102000 0.753000 0.037000 0.762238 0.111888 0.077922 0.047952 0.134134 0.773774 0.009009 0.083083 0.113000 0.798000 0.038000 0.051000 0.025000 0.383000 0.071000 0.521000 0.095000 0.313000 0.212000 0.380000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1146.1 MOTIF MA1533.1 NR1I2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 164 E= 0 0.353659 0.109756 0.335366 0.201220 0.022727 0.340909 0.051136 0.585227 0.051429 0.000000 0.937143 0.011429 0.680498 0.165975 0.099585 0.053942 0.728889 0.271111 0.000000 0.000000 0.017857 0.976190 0.005952 0.000000 0.040230 0.287356 0.017241 0.655172 0.054878 0.524390 0.310976 0.109756 0.310976 0.182927 0.341463 0.164634 0.400000 0.139394 0.242424 0.218182 0.000000 0.282209 0.000000 0.717791 0.107143 0.010204 0.836735 0.045918 0.738739 0.184685 0.054054 0.022523 0.755760 0.235023 0.009217 0.000000 0.000000 0.982036 0.000000 0.017964 0.005917 0.319527 0.029586 0.644970 0.067073 0.506098 0.201220 0.225610 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1533.1 MOTIF MA1534.1 NR1I3 letter-probability matrix: alength= 4 w= 9 nsites= 48424 E= 0 0.487093 0.094127 0.269556 0.149224 0.002711 0.186900 0.000000 0.810389 0.120145 0.001813 0.878042 0.000000 0.928196 0.050086 0.006555 0.015162 0.942174 0.057826 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.037181 0.000000 0.962819 0.210043 0.230032 0.048664 0.511261 0.181066 0.133675 0.073347 0.611912 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1534.1 MOTIF MA1535.1 NR2C1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 9 nsites= 9622 E= 0 0.265226 0.295988 0.207545 0.231241 0.331744 0.100715 0.459344 0.108197 0.491317 0.022920 0.480210 0.005553 0.000000 0.000000 0.970057 0.029943 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.027393 0.972607 0.000000 0.967716 0.032284 0.000000 0.848651 0.000000 0.151349 0.000000 0.238828 0.289545 0.211910 0.259717 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1535.1 MOTIF UN0459.1 NR2C1-2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 22 nsites= 1000 E= 0 0.284000 0.194000 0.365000 0.157000 0.209790 0.326673 0.210789 0.252747 0.179179 0.431431 0.151151 0.238238 0.231000 0.325000 0.151000 0.293000 0.250749 0.207792 0.200799 0.340659 0.050050 0.177177 0.085085 0.687688 0.277000 0.104000 0.574000 0.045000 0.838162 0.120879 0.024975 0.015984 0.080919 0.887113 0.015984 0.015984 0.022000 0.917000 0.009000 0.052000 0.014000 0.111000 0.016000 0.859000 0.089089 0.113113 0.021021 0.776777 0.027027 0.059059 0.023023 0.890891 0.125000 0.097000 0.723000 0.055000 0.793000 0.078000 0.087000 0.042000 0.184000 0.676000 0.056000 0.084000 0.080000 0.818000 0.040000 0.062000 0.067067 0.521522 0.066066 0.345345 0.152847 0.465534 0.114885 0.266733 0.255000 0.224000 0.153000 0.368000 0.247247 0.302302 0.261261 0.189189 0.274725 0.316683 0.219780 0.188811 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/UN0459.1 MOTIF MA0504.1 NR2C2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 395 E= 0 0.326582 0.318987 0.227848 0.126582 0.207595 0.177215 0.559494 0.055696 0.488608 0.015190 0.493671 0.002532 0.000000 0.020253 0.926582 0.053165 0.025316 0.007595 0.898734 0.068354 0.007595 0.000000 0.200000 0.792405 0.015190 0.782278 0.136709 0.065823 0.868354 0.000000 0.121519 0.010127 0.473418 0.000000 0.526582 0.000000 0.820253 0.000000 0.179747 0.000000 0.025316 0.000000 0.974684 0.000000 0.027848 0.000000 0.850633 0.121519 0.000000 0.068354 0.225316 0.706329 0.022785 0.797468 0.088608 0.091139 0.734177 0.000000 0.232911 0.032911 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0504.1