MEME version 4 ALPHABET= ACGT strands: + - Background letter frequencies A 0.25 C 0.25 G 0.25 T 0.25 MOTIF MA0673.1 NKX2-8 letter-probability matrix: alength= 4 w= 9 nsites= 8563 E= 0 0.226790 0.412122 0.332010 0.029079 0.006489 0.793733 0.000000 0.199778 0.885144 0.061511 0.000000 0.053344 0.001612 0.985724 0.000000 0.012664 0.000000 0.010517 0.000000 0.989483 0.001952 0.271346 0.000000 0.726702 0.202990 0.264775 0.500584 0.031651 0.694742 0.073677 0.056475 0.175105 0.373044 0.229386 0.302850 0.094721 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0673.1 MOTIF MA0124.1 NKX3-1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 7 nsites= 20 E= 0 0.650000 0.050000 0.150000 0.150000 0.000000 0.050000 0.000000 0.950000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.950000 0.000000 0.050000 0.050000 0.000000 0.000000 0.950000 0.050000 0.000000 0.000000 0.950000 0.950000 0.000000 0.050000 0.000000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0124.1 MOTIF MA0122.2 NKX3-2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 9 nsites= 5712 E= 0 0.385504 0.180672 0.282038 0.151786 0.157716 0.525290 0.260438 0.056557 0.003366 0.915531 0.002885 0.078218 0.930596 0.017107 0.007983 0.044314 0.028644 0.962426 0.004381 0.004549 0.000865 0.006231 0.004327 0.988577 0.004381 0.033193 0.000000 0.962426 0.815650 0.050978 0.024704 0.108668 0.501801 0.117632 0.215760 0.164807 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0122.2 MOTIF MA0674.1 NKX6-1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 8 nsites= 2213 E= 0 0.182106 0.314053 0.331676 0.172164 0.000000 0.258925 0.000000 0.741075 0.584545 0.334441 0.000000 0.081014 0.897727 0.081169 0.004870 0.016234 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.025054 0.019438 0.000000 0.955508 0.926298 0.011307 0.055276 0.007119 0.655219 0.132851 0.064166 0.147763 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0674.1 MOTIF MA0675.1 NKX6-2 letter-probability matrix: alength= 4 w= 8 nsites= 18935 E= 0 0.198627 0.320676 0.276102 0.204595 0.056020 0.374313 0.038908 0.530759 0.503057 0.335888 0.046655 0.114400 0.947603 0.015514 0.009559 0.027325 0.029920 0.000000 0.000000 0.970080 0.102038 0.092322 0.022781 0.782859 0.912178 0.017824 0.037335 0.032662 0.526619 0.182582 0.087673 0.203127 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0675.1 MOTIF MA1530.1 NKX6-3 letter-probability matrix: alength= 4 w= 9 nsites= 6905 E= 0 0.202752 0.395510 0.394352 0.007386 0.000000 0.397803 0.000000 0.602197 0.018971 0.837322 0.066088 0.077619 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.063339 0.000000 0.936661 0.907848 0.000000 0.092152 0.000000 0.583918 0.066712 0.032045 0.317325 0.441645 0.198378 0.128149 0.231827 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1530.1 MOTIF UN0406.1 NLP4 letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 1000 E= 0 0.158904 0.241096 0.243836 0.356164 0.230137 0.254795 0.356164 0.158904 0.205479 0.394521 0.120548 0.279452 0.238356 0.252055 0.142466 0.367123 0.169863 0.191781 0.435616 0.202740 0.115068 0.536987 0.128767 0.219178 0.002740 0.010959 0.000000 0.986301 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.991781 0.000000 0.008219 0.000000 0.013699 0.000000 0.986301 0.008219 0.000000 0.991781 0.000000 0.128767 0.627397 0.112329 0.131507 0.273973 0.131507 0.117808 0.476712 0.263014 0.150685 0.323288 0.263014 0.254795 0.334247 0.153425 0.257534 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/UN0406.1 MOTIF MA1794.1 NLP7 letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 1000 E= 0 0.447059 0.109244 0.117647 0.326050 0.341176 0.129412 0.164706 0.364706 0.299160 0.089076 0.183193 0.428571 0.010084 0.181513 0.001681 0.806722 0.065546 0.000000 0.934454 0.000000 0.329412 0.174790 0.339496 0.156303 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.443697 0.040336 0.515967 0.018487 0.389916 0.021849 0.569748 0.010084 0.080672 0.000000 0.909244 0.038655 0.015126 0.000000 0.946219 0.099160 0.472269 0.322689 0.105882 0.400000 0.112605 0.415126 0.072269 0.305882 0.122689 0.351261 0.220168 0.346218 0.122689 0.280672 0.250420 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1794.1 MOTIF MA0710.1 NOTO letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 21405 E= 0 0.263069 0.265452 0.305022 0.166456 0.033953 0.613529 0.027066 0.325452 0.214566 0.120964 0.017324 0.647146 0.700673 0.292875 0.000000 0.006452 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.016799 0.002785 0.018955 0.961461 0.843846 0.000000 0.081093 0.075061 0.328802 0.180145 0.358748 0.132306 0.190507 0.360226 0.256610 0.192656 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0710.1 MOTIF MA1531.1 NR1D1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 15 nsites= 6996 E= 0 0.462121 0.051172 0.480560 0.006146 0.002181 0.000273 0.898991 0.098555 0.007660 0.000000 0.990538 0.001802 0.000000 0.024384 0.194957 0.780658 0.000000 0.608395 0.000185 0.391421 0.998335 0.000303 0.000303 0.001060 0.094769 0.188173 0.671418 0.045641 0.002880 0.016847 0.030670 0.949604 0.533970 0.013737 0.450650 0.001643 0.000000 0.000000 0.855605 0.144395 0.001210 0.000000 0.997882 0.000908 0.026836 0.054051 0.088195 0.830918 0.000142 0.938256 0.012662 0.048940 0.875133 0.000531 0.121683 0.002654 0.253829 0.232297 0.274299 0.239575 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1531.1