MEME version 4 ALPHABET= ACGT strands: + - Background letter frequencies A 0.25 C 0.25 G 0.25 T 0.25 MOTIF MA0909.3 Hoxd13 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 5977 E= 0 0.293793 0.221349 0.243768 0.241091 0.229547 0.297474 0.287101 0.185879 0.002677 0.981429 0.005688 0.010206 0.966204 0.000837 0.024762 0.008198 0.990965 0.002175 0.001840 0.005019 0.000000 0.000335 0.000502 0.999163 0.996319 0.000669 0.001171 0.001840 0.990965 0.006190 0.000335 0.002510 0.707211 0.117785 0.063410 0.111594 0.414422 0.184875 0.185210 0.215493 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0909.3 MOTIF MA0912.1 Hoxd3 letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 100 E= 0 0.190000 0.370000 0.050000 0.390000 0.190000 0.080000 0.080000 0.650000 0.140000 0.100000 0.600000 0.160000 0.366337 0.099010 0.326733 0.207921 0.237624 0.089109 0.435644 0.237624 0.140000 0.240000 0.290000 0.330000 0.010101 0.141414 0.000000 0.848485 0.878788 0.121212 0.000000 0.000000 0.980000 0.010000 0.000000 0.010000 0.010000 0.000000 0.010000 0.980000 0.000000 0.000000 0.121212 0.878788 0.848485 0.000000 0.141414 0.010101 0.373737 0.373737 0.141414 0.111111 0.237624 0.435644 0.089109 0.237624 0.118812 0.366337 0.306931 0.207921 0.090000 0.220000 0.210000 0.480000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0912.1 MOTIF MA0910.1 Hoxd8 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 100 E= 0 0.130000 0.120000 0.200000 0.550000 0.606061 0.121212 0.111111 0.161616 0.606061 0.080808 0.202020 0.111111 0.330000 0.050000 0.290000 0.330000 0.070000 0.230000 0.010000 0.690000 0.727273 0.121212 0.030303 0.121212 0.920000 0.020000 0.020000 0.040000 0.040000 0.010000 0.010000 0.940000 0.050000 0.010000 0.000000 0.940000 0.959596 0.000000 0.010101 0.030303 0.797980 0.050505 0.020202 0.131313 0.070000 0.090000 0.050000 0.790000 0.350000 0.040000 0.470000 0.140000 0.240000 0.070000 0.560000 0.130000 0.188119 0.495050 0.079208 0.237624 0.188119 0.089109 0.138614 0.584158 0.360000 0.210000 0.180000 0.250000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0910.1 MOTIF MA0913.1 Hoxd9 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 322 E= 0 0.232919 0.136646 0.602484 0.027950 0.047525 0.544554 0.023762 0.384158 0.631922 0.250814 0.117264 0.000000 0.836207 0.008621 0.133621 0.021552 0.058824 0.031674 0.031674 0.877828 0.502538 0.015228 0.000000 0.482234 0.910798 0.009390 0.000000 0.079812 0.932692 0.033654 0.000000 0.033654 0.638158 0.085526 0.131579 0.144737 0.425641 0.143590 0.097436 0.333333 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0913.1 MOTIF MA1458.1 Hsf letter-probability matrix: alength= 4 w= 12 nsites= 2122 E= 0 0.304901 0.172479 0.199340 0.323280 0.251178 0.209237 0.198398 0.341188 0.034873 0.026861 0.020264 0.918002 0.020264 0.017908 0.023091 0.938737 0.005184 0.975495 0.010368 0.008954 0.025448 0.611216 0.131480 0.231857 0.933553 0.024034 0.023091 0.019321 0.015551 0.017436 0.959472 0.007540 0.940622 0.031103 0.013666 0.014609 0.912347 0.019321 0.023563 0.044769 0.314797 0.211593 0.221018 0.252592 0.310085 0.208765 0.180961 0.300189 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1458.1 MOTIF MA1887.1 Hsf1-2-4 letter-probability matrix: alength= 4 w= 20 nsites= 1001 E= 0 0.198801 0.215784 0.222777 0.362637 0.365634 0.262737 0.226773 0.144855 0.106000 0.092000 0.700000 0.102000 0.687000 0.096000 0.087000 0.130000 0.636000 0.096000 0.097000 0.171000 0.224000 0.291000 0.197000 0.288000 0.262262 0.185185 0.288288 0.264264 0.030000 0.014000 0.017000 0.939000 0.017000 0.006000 0.019000 0.958000 0.004000 0.987000 0.005000 0.004000 0.010000 0.133000 0.140000 0.717000 0.695000 0.159000 0.128000 0.018000 0.012000 0.019000 0.952000 0.017000 0.760000 0.081000 0.058000 0.101000 0.723000 0.080000 0.077000 0.120000 0.261738 0.274725 0.196803 0.266733 0.277000 0.205000 0.264000 0.254000 0.179000 0.108000 0.105000 0.608000 0.140000 0.096000 0.107000 0.657000 0.121121 0.641642 0.107107 0.130130 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1887.1 MOTIF UN0402.1 IDD11 letter-probability matrix: alength= 4 w= 18 nsites= 1000 E= 0 0.285470 0.370940 0.112821 0.230769 0.620513 0.087179 0.208547 0.083761 0.210256 0.331624 0.323077 0.135043 0.680342 0.011966 0.071795 0.235897 0.846155 0.001709 0.001709 0.150427 0.641026 0.070085 0.141880 0.147009 0.914530 0.039316 0.041026 0.005128 0.208547 0.682051 0.075214 0.034188 0.006838 0.000000 0.989743 0.003419 0.991453 0.008547 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.958974 0.011966 0.023932 0.005128 0.885470 0.030769 0.063248 0.020513 0.682052 0.070085 0.076923 0.170940 0.447863 0.143590 0.117949 0.290598 0.482051 0.116239 0.109402 0.292308 0.369231 0.152137 0.227350 0.251282 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/UN0402.1 MOTIF MA1371.1 IDD4 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 591 E= 0 0.360406 0.394247 0.071066 0.174281 0.725888 0.008460 0.236887 0.028765 0.096447 0.423012 0.409475 0.071066 0.727580 0.000000 0.023689 0.248731 0.862944 0.000000 0.000000 0.137056 0.795262 0.049069 0.131980 0.023689 0.895093 0.071066 0.027073 0.006768 0.314721 0.509306 0.131980 0.043993 0.027073 0.000000 0.972927 0.000000 0.981387 0.016920 0.000000 0.001692 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.989848 0.000000 0.010152 0.000000 0.983080 0.005076 0.011844 0.000000 0.925550 0.025381 0.038917 0.010152 0.758037 0.040609 0.059222 0.142132 0.522843 0.120135 0.103215 0.253807 0.446701 0.121827 0.103215 0.328257 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1371.1 MOTIF MA1370.1 IDD5 letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 160 E= 0 0.250000 0.112500 0.125000 0.512500 0.181250 0.025000 0.050000 0.743750 0.006250 0.043750 0.025000 0.925000 0.000000 0.012500 0.043750 0.943750 0.000000 0.018750 0.000000 0.981250 0.000000 0.000000 0.993750 0.006250 0.000000 0.006250 0.000000 0.993750 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.018750 0.087500 0.693750 0.200000 0.006250 0.031250 0.050000 0.912500 0.018750 0.156250 0.062500 0.762500 0.106250 0.025000 0.050000 0.818750 0.331250 0.037500 0.000000 0.631250 0.081250 0.356250 0.468750 0.093750 0.037500 0.275000 0.018750 0.668750 0.193750 0.087500 0.487500 0.231250 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1370.1 MOTIF MA1160.1 IDD6 letter-probability matrix: alength= 4 w= 20 nsites= 242 E= 0 0.252066 0.148760 0.132231 0.466942 0.252066 0.132231 0.140496 0.475207 0.247934 0.177686 0.132231 0.442149 0.297521 0.111570 0.115702 0.475207 0.239669 0.095041 0.115702 0.549587 0.103306 0.061983 0.045455 0.789256 0.000000 0.024793 0.020661 0.954545 0.000000 0.008264 0.000000 0.991736 0.000000 0.024793 0.004132 0.971074 0.000000 0.004132 0.991736 0.004132 0.000000 0.008264 0.061983 0.929752 0.008264 0.979339 0.000000 0.012397 0.053719 0.086777 0.636364 0.223140 0.008264 0.037190 0.057851 0.896694 0.028926 0.132231 0.053719 0.785124 0.144628 0.000000 0.024793 0.830579 0.268595 0.020661 0.004132 0.706612 0.086777 0.367769 0.446281 0.099174 0.016529 0.272727 0.016529 0.694215 0.157025 0.061983 0.483471 0.297521 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1160.1