MEME version 4 ALPHABET= ACGT strands: + - Background letter frequencies A 0.25 C 0.25 G 0.25 T 0.25 MOTIF MA0114.3 Hnf4a letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 6216 E= 0 0.300837 0.094434 0.529601 0.075129 0.312909 0.004432 0.681696 0.000963 0.001161 0.000000 0.998646 0.000193 0.034602 0.002296 0.846507 0.116596 0.024916 0.011111 0.094949 0.869024 0.000189 0.975803 0.000945 0.023062 0.969754 0.000376 0.029870 0.000000 0.984739 0.000000 0.013163 0.002098 0.990027 0.000000 0.009973 0.000000 0.000000 0.000194 0.999226 0.000581 0.000000 0.000966 0.001353 0.997681 0.020207 0.808584 0.020520 0.150689 0.000000 0.963599 0.000747 0.035654 0.835115 0.006565 0.132996 0.025324 0.416118 0.214839 0.217164 0.151879 0.197366 0.206082 0.175479 0.421073 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0114.3 MOTIF MA1883.1 Hox1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 20 nsites= 999 E= 0 0.284284 0.191191 0.219219 0.305305 0.284000 0.193000 0.221000 0.302000 0.284284 0.193193 0.225225 0.297297 0.271000 0.202000 0.227000 0.300000 0.267000 0.206000 0.213000 0.314000 0.307692 0.201798 0.219780 0.270729 0.344000 0.170000 0.218000 0.268000 0.081000 0.062000 0.076000 0.781000 0.053000 0.049000 0.032000 0.866000 0.859141 0.037962 0.048951 0.053946 0.891892 0.027027 0.031031 0.050050 0.057000 0.031000 0.035000 0.877000 0.059000 0.052000 0.066000 0.823000 0.361361 0.154154 0.240240 0.244244 0.287000 0.221000 0.228000 0.264000 0.268000 0.222000 0.209000 0.301000 0.274000 0.211000 0.208000 0.307000 0.283000 0.207000 0.207000 0.303000 0.286713 0.206793 0.207792 0.298701 0.286000 0.207000 0.206000 0.301000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1883.1 MOTIF MA1884.1 Hox3 letter-probability matrix: alength= 4 w= 20 nsites= 1000 E= 0 0.338000 0.162000 0.179000 0.321000 0.306000 0.163000 0.181000 0.350000 0.335000 0.183000 0.207000 0.275000 0.348000 0.183000 0.207000 0.262000 0.262737 0.239760 0.199800 0.297702 0.306000 0.229000 0.296000 0.169000 0.293000 0.223000 0.210000 0.274000 0.041958 0.022977 0.016983 0.918082 0.881000 0.019000 0.063000 0.037000 0.964000 0.009000 0.014000 0.013000 0.008000 0.052000 0.009000 0.931000 0.047000 0.063000 0.673000 0.217000 0.800200 0.051948 0.076923 0.070929 0.174000 0.242000 0.214000 0.370000 0.262000 0.236000 0.242000 0.260000 0.393606 0.173826 0.176823 0.255744 0.259000 0.187000 0.153000 0.401000 0.286000 0.177000 0.190000 0.347000 0.350000 0.162000 0.169000 0.319000 0.332000 0.179000 0.160000 0.329000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1884.1 MOTIF MA1885.1 Hox4 letter-probability matrix: alength= 4 w= 20 nsites= 1000 E= 0 0.298000 0.194000 0.189000 0.319000 0.321000 0.191000 0.196000 0.292000 0.338661 0.193806 0.205794 0.261738 0.346000 0.184000 0.206000 0.264000 0.271000 0.228000 0.218000 0.283000 0.273726 0.223776 0.290709 0.211788 0.334000 0.197000 0.246000 0.223000 0.048000 0.078000 0.033000 0.841000 0.322677 0.597403 0.041958 0.037962 0.934000 0.010000 0.046000 0.010000 0.012987 0.011988 0.007992 0.967033 0.027000 0.029000 0.013000 0.931000 0.936937 0.016016 0.017017 0.030030 0.350000 0.184000 0.209000 0.257000 0.171171 0.292292 0.225225 0.311311 0.249000 0.202000 0.276000 0.273000 0.281000 0.220000 0.211000 0.288000 0.263263 0.224224 0.205205 0.307307 0.286000 0.217000 0.193000 0.304000 0.294000 0.205000 0.190000 0.311000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1885.1 MOTIF MA1886.1 Hox5 letter-probability matrix: alength= 4 w= 20 nsites= 1000 E= 0 0.296000 0.199000 0.233000 0.272000 0.277722 0.198801 0.234765 0.288711 0.288000 0.203000 0.244000 0.265000 0.290000 0.210000 0.242000 0.258000 0.257742 0.241758 0.235764 0.264735 0.274000 0.224000 0.287000 0.215000 0.245000 0.214000 0.233000 0.308000 0.042000 0.029000 0.019000 0.910000 0.874000 0.025000 0.041000 0.060000 0.944945 0.011011 0.016016 0.028028 0.051000 0.020000 0.035000 0.894000 0.056000 0.053000 0.108000 0.783000 0.170829 0.036963 0.722278 0.069930 0.223776 0.270729 0.264735 0.240759 0.214785 0.241758 0.248751 0.294705 0.248000 0.225000 0.233000 0.294000 0.254000 0.211000 0.212000 0.323000 0.243243 0.204204 0.221221 0.331331 0.252000 0.202000 0.218000 0.328000 0.263000 0.199000 0.217000 0.321000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1886.1 MOTIF MA0911.1 Hoxa11 letter-probability matrix: alength= 4 w= 12 nsites= 704 E= 0 0.252841 0.153409 0.436080 0.157670 0.235294 0.202703 0.559618 0.002385 0.001335 0.037383 0.021362 0.939920 0.038961 0.914286 0.000000 0.046753 0.259605 0.002077 0.731049 0.007269 0.019391 0.001385 0.004155 0.975069 0.679167 0.004167 0.018056 0.298611 0.955224 0.000000 0.002714 0.042062 0.909561 0.034884 0.003876 0.051680 0.598131 0.135089 0.099405 0.167375 0.254261 0.232955 0.213068 0.299716 0.197443 0.156250 0.159091 0.487216 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0911.1 MOTIF MA0650.3 Hoxa13 letter-probability matrix: alength= 4 w= 12 nsites= 17248 E= 0 0.323806 0.192138 0.224258 0.259798 0.249420 0.242521 0.264205 0.243854 0.083604 0.730519 0.109520 0.076357 0.073806 0.817486 0.004464 0.104244 0.815689 0.092417 0.008465 0.083430 0.893437 0.014089 0.038613 0.053861 0.006088 0.014436 0.013451 0.966025 0.916280 0.011885 0.023597 0.048237 0.974780 0.007247 0.005682 0.012291 0.959532 0.017741 0.008407 0.014321 0.442660 0.186688 0.159381 0.211271 0.304731 0.244318 0.175441 0.275510 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0650.3 MOTIF MA0594.1 Hoxa9 letter-probability matrix: alength= 4 w= 11 nsites= 172 E= 0 0.197674 0.308140 0.470930 0.023256 0.069767 0.639535 0.029070 0.261628 0.220930 0.680233 0.000000 0.098837 0.936047 0.017442 0.046512 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.587209 0.337209 0.046512 0.029070 0.912791 0.034884 0.000000 0.052326 0.994186 0.005814 0.000000 0.000000 0.029070 0.000000 0.005814 0.965116 0.040698 0.895349 0.000000 0.063953 0.761628 0.063953 0.000000 0.174419 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0594.1 MOTIF MA0904.1 Hoxb5 letter-probability matrix: alength= 4 w= 16 nsites= 100 E= 0 0.520000 0.230000 0.140000 0.110000 0.270000 0.350000 0.190000 0.190000 0.168317 0.089109 0.643564 0.099010 0.120000 0.150000 0.380000 0.350000 0.010000 0.070000 0.000000 0.920000 0.909091 0.090909 0.000000 0.000000 0.980000 0.010000 0.000000 0.010000 0.010000 0.000000 0.010000 0.980000 0.000000 0.000000 0.090909 0.909091 0.920000 0.000000 0.070000 0.010000 0.190000 0.290000 0.410000 0.110000 0.099010 0.643564 0.089109 0.168317 0.282828 0.252525 0.101010 0.363636 0.280000 0.440000 0.110000 0.170000 0.673267 0.049505 0.138614 0.138614 0.220000 0.160000 0.140000 0.480000 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0904.1 MOTIF MA0485.1 Hoxc9 letter-probability matrix: alength= 4 w= 13 nsites= 885 E= 0 0.265537 0.124294 0.453107 0.157062 0.126554 0.193220 0.605650 0.074576 0.099435 0.683616 0.045198 0.171751 0.253107 0.528814 0.001130 0.216949 0.746893 0.003390 0.231638 0.018079 0.000000 0.010169 0.000000 0.989831 0.841808 0.094915 0.039548 0.023729 0.995480 0.000000 0.000000 0.004520 0.993220 0.006780 0.000000 0.000000 0.020339 0.000000 0.000000 0.979661 0.054237 0.807910 0.005650 0.132203 0.640678 0.081356 0.006780 0.271186 0.159322 0.371751 0.180791 0.288136 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0485.1