MEME version 4 ALPHABET= ACGT strands: + - Background letter frequencies A 0.25 C 0.25 G 0.25 T 0.25 MOTIF MA0651.2 HOXC11 letter-probability matrix: alength= 4 w= 12 nsites= 15349 E= 0 0.573979 0.109714 0.136686 0.179621 0.261670 0.045968 0.646453 0.045909 0.081847 0.039484 0.878668 0.000000 0.002804 0.015169 0.003697 0.978330 0.012776 0.985490 0.001284 0.000449 0.035179 0.000000 0.964821 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.792773 0.000000 0.000651 0.206576 0.997920 0.000000 0.000000 0.002080 0.993142 0.001423 0.002911 0.002523 0.866791 0.047885 0.026371 0.058953 0.372142 0.254805 0.091276 0.281777 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0651.2 MOTIF MA0906.1 HOXC12 letter-probability matrix: alength= 4 w= 11 nsites= 4298 E= 0 0.337366 0.060261 0.505351 0.097022 0.201085 0.112991 0.685764 0.000160 0.002513 0.015532 0.000457 0.981498 0.042603 0.919931 0.002569 0.034896 0.080428 0.000428 0.919144 0.000000 0.000000 0.000465 0.000233 0.999302 0.882522 0.002875 0.001027 0.113576 0.993756 0.000000 0.000463 0.005782 0.990320 0.002996 0.000000 0.006684 0.751618 0.111247 0.047053 0.090082 0.335583 0.265069 0.086572 0.312776 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0906.1 MOTIF MA0907.1 HOXC13 letter-probability matrix: alength= 4 w= 11 nsites= 1257 E= 0 0.131265 0.229117 0.393795 0.245823 0.032070 0.916181 0.042274 0.009475 0.003108 0.016317 0.003885 0.976690 0.018246 0.882105 0.007018 0.092632 0.165567 0.002639 0.829156 0.002639 0.000000 0.000000 0.003962 0.996038 0.882105 0.000702 0.001404 0.115789 0.988985 0.003147 0.001574 0.006294 0.999205 0.000000 0.000000 0.000795 0.729118 0.100348 0.051624 0.118910 0.309713 0.285032 0.117038 0.288217 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0907.1 MOTIF MA1504.1 HOXC4 letter-probability matrix: alength= 4 w= 8 nsites= 8760 E= 0 0.311758 0.213128 0.320662 0.154452 0.015591 0.258003 0.000000 0.726406 0.411805 0.588195 0.000000 0.000000 0.937594 0.000000 0.062406 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.913919 0.000000 0.086081 0.000000 0.316895 0.191667 0.309703 0.181735 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1504.1 MOTIF MA1505.1 HOXC8 letter-probability matrix: alength= 4 w= 8 nsites= 9272 E= 0 0.190466 0.167386 0.401639 0.240509 0.000000 0.329404 0.000000 0.670596 0.713198 0.209737 0.001461 0.075604 0.997848 0.002152 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.022248 0.977752 0.073986 0.007622 0.204481 0.713912 0.681939 0.000000 0.318061 0.000000 0.244284 0.415336 0.158434 0.181946 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1505.1 MOTIF MA0485.2 HOXC9 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 21648 E= 0 0.200804 0.081301 0.717895 0.000000 0.000000 0.009370 0.000000 0.990630 0.000000 1.000000 0.000000 0.000000 0.214744 0.000000 0.785256 0.000000 0.000321 0.000321 0.000707 0.998651 0.881259 0.000000 0.000000 0.118741 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.999228 0.000772 0.000000 0.000000 0.691295 0.090432 0.060762 0.157511 0.209510 0.324110 0.140982 0.325397 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0485.2 MOTIF MA1506.1 HOXD10 letter-probability matrix: alength= 4 w= 11 nsites= 4645 E= 0 0.270829 0.113671 0.516685 0.098816 0.178925 0.066894 0.754181 0.000000 0.000000 0.008534 0.000427 0.991039 0.006842 0.993158 0.000000 0.000000 0.215070 0.000169 0.784761 0.000000 0.000000 0.000000 0.031485 0.968515 0.922909 0.000000 0.003576 0.073515 1.000000 0.000000 0.000000 0.000000 0.990828 0.007679 0.000000 0.001493 0.761725 0.075927 0.042965 0.119383 0.283315 0.312164 0.103983 0.300538 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1506.1 MOTIF MA0908.1 HOXD11 letter-probability matrix: alength= 4 w= 10 nsites= 412 E= 0 0.310680 0.131068 0.558252 0.000000 0.000000 0.000000 0.000000 1.000000 0.059480 0.855019 0.000000 0.085502 0.228188 0.000000 0.771812 0.000000 0.033613 0.000000 0.000000 0.966387 0.757576 0.000000 0.000000 0.242424 0.987124 0.000000 0.000000 0.012876 0.954357 0.016598 0.000000 0.029046 0.642458 0.081006 0.078212 0.198324 0.380952 0.220779 0.099567 0.298701 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0908.1 MOTIF MA0873.1 HOXD12 letter-probability matrix: alength= 4 w= 11 nsites= 1367 E= 0 0.460132 0.113387 0.384053 0.042429 0.215460 0.171924 0.607286 0.005331 0.000702 0.034386 0.005614 0.959298 0.002182 0.994182 0.003636 0.000000 0.131345 0.001269 0.867386 0.000000 0.000726 0.007257 0.000000 0.992017 0.859208 0.000000 0.001257 0.139535 0.997810 0.000000 0.002190 0.000000 0.964714 0.000000 0.004234 0.031052 0.713093 0.096505 0.025039 0.165363 0.393275 0.352339 0.056287 0.198099 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA0873.1 MOTIF MA1958.1 HOXD12::ELK1 letter-probability matrix: alength= 4 w= 17 nsites= 487 E= 0 0.277207 0.160164 0.373717 0.188912 0.368000 0.123200 0.411200 0.097600 0.222556 0.360902 0.371429 0.045113 0.152979 0.784219 0.054750 0.008052 0.006122 0.000000 0.993878 0.000000 0.000000 0.000000 0.983838 0.016162 0.997951 0.002049 0.000000 0.000000 0.940154 0.003861 0.000000 0.055985 0.033531 0.005917 0.960552 0.000000 0.014170 0.000000 0.000000 0.985830 0.106776 0.622177 0.010267 0.260780 0.099815 0.000000 0.900185 0.000000 0.000000 0.000000 0.014170 0.985830 0.844021 0.017331 0.008666 0.129983 0.989837 0.000000 0.010163 0.000000 0.845486 0.102431 0.005208 0.046875 0.390144 0.164271 0.197125 0.248460 URL http://jaspar.genereg.net/matrix/MA1958.1