results/JASPAR_2022_matrix_clustering/urochordates/CORE/radial_trees/JASPAR_2022_matrix_clustering_urochordates_CORE_tables/alignment_table.tab


id name cluster strand offset_up offset_down width aligned_consensus aligned_consensus_rc
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m42_MA1883_1 Hox1 cluster_1 D 3 2 25 +++wwwwwwwTTAATTawwwwww++ ++WWWWWWTAATTAAWWWWWWW+++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m54_MA1895_1 Lhx3/4 cluster_1 D 3 2 25 +++wwwwwwaTTAATTaawwwww++ ++WWWWWTTAATTAATWWWWWW+++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m40_MA1881_1 Hmbox1 cluster_1 D 3 2 25 +++ddwwwawTTAATTaawtttt++ ++AAAAWTTAATTAAWTWWWHH+++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m55_MA1896_1 Lmx-b cluster_1 D 3 2 25 +++wwwwwaatTAATTaawtwww++ ++WWWAWTTAATTAATTWWWWW+++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m69_MA1910_1 Rax cluster_1 D 3 2 25 +++WWWAWYYAATTAATTWAWWW++ ++wwwtwaaTTAATTrrwtwww+++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m44_MA1885_1 Hox4 cluster_1 D 4 1 25 ++++wwwwwraTmATTAwykwwww+ +WWWWMRWTAATKATYWWWWW++++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m57_MA1898_1 Meox cluster_1 R 4 1 25 ++++WWWWWRRTMATTAATWWWWW+ +wwwwwatTAATkAyywwwww++++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m3_MA1844_1 Atbf cluster_1 D 3 2 25 +++wwwwwaatTAATTamwwwww++ ++WWWWWKTAATTAATTWWWWW+++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m41_MA1882_1 Hnf1 cluster_1 D 3 2 25 +++wwwwwaatTAATTrvwwwww++ ++WWWWWBYAATTAATTWWWWW+++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m11_MA1852_1 Emx cluster_1 D 4 1 25 ++++wwttdryTAATTGrkkwwww+ +WWWWMMYCAATTARYHAAWW++++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m45_MA1886_1 Hox5 cluster_1 D 4 1 25 ++++wwwwwrtTAATTGsttwtww+ +WWAWAASCAATTAAYWWWWW++++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m64_MA1905_1 Nkx3 cluster_1 D 3 2 25 +++WWWHMBYAATTAATKAWWWW++ ++wwwwtmaTTAATTrvkdwww+++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m38_MA1879_1 Hex cluster_1 D 3 2 25 +++wwwwywaTTAATTrmtwwww++ ++WWWWAKYAATTAATWRWWWW+++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m63_MA1904_1 Nk-3 cluster_1 D 3 2 25 +++wwwttaaTTAATTrrtwwww++ ++WWWWAYYAATTAATTAAWWW+++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m83_MA1924_1 Tlx cluster_1 R 3 2 25 +++WWWWWWWTTAATTRWWWWWW++ ++wwwwwwyAATTAAwwwwwww+++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m65_MA1906_1 Noto cluster_1 R 4 1 25 ++++WWWWWVMTCATTARYWWWWW+ +wwwwwryTAATgAkbwwwww++++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m48_MA1889_1 Isx cluster_1 D 3 2 25 +++wwwtwawTTAATTarattww++ ++WWAATYTAATTAAWTWAWWW+++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m68_MA1909_1 Prop cluster_1 D 3 2 25 +++ddttwawTTAATTwrattwm++ ++KWAATYWAATTAAWTWAAHH+++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m21_MA1862_1 FoxD-b cluster_1 D 4 1 25 ++++wwdtkwwTGTTTatwtwdkt+ +AMHWAWATAAACAWWMAHWW++++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m29_MA1870_1 FoxL2 cluster_1 R 4 1 25 ++++KTKTKTTTGTTTATWTWWWT+ +awwwawaTAAACAaamamam++++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m60_MA1901_1 Msx cluster_1 D 4 1 25 ++++WWWWAMSYAATTAMYYAWWW+ +wwwtrrkTAATTrsktwwww++++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m84_MA1925_1 Uncx-b cluster_1 D 3 2 25 +++WWWAWWWAATTAAWTWWWWW++ ++wwwwwawTTAATTwwwtwww+++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m13_MA1854_1 Etv1/4/5 cluster_1 R 1 4 25 +GKGRSKWCCGGAARYRVSSY++++ ++++rssbyryTTCCGGwmsycmc+
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m16_MA1857_1 Fli-Erg-c cluster_1 D 1 4 25 +ammamwwCCGGAAryraaaw++++ ++++WTTTYRYTTCCGGWWKTKKT+
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m59_MA1900_1 Mnx cluster_1 D 3 2 25 +++WWWWWTYAATTAAWWWWWWW++ ++wwwwwwwtTAATTrawwwww+++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m14_MA1855_1 Fli-Erg-a cluster_1 D 1 4 25 +ybcmcywCCGGAAryvmvmm++++ ++++KKBKBRYTTCCGGWRGKGVR+
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m75_MA1916_1 SoxB2 cluster_1 D 2 3 25 ++wwwwkyyATTGTTttytttw+++ +++WAAARAAAACAATRRMWWWW++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m77_MA1918_1 SoxF cluster_1 D 2 3 25 ++awwwwyhATTGTthtttwww+++ +++WWWAAADAACAATDRWWWWT++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m53_MA1894_1 large-Maf cluster_1 D 4 1 25 ++++wwwwwwwTGCTGAckhagca+ +TGCTDMGTCAGCAWWWWWWW++++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m72_MA1913_1 small-Maf cluster_1 D 4 1 25 ++++kdrwwwwTGCTGAykyarsm+ +KSYTRMRTCAGCAWWWWYHM++++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m36_MA1877_1 Hes-b cluster_1 R 3 0 25 +++CGMCWGRCACGTGCCACCCSCS sgsgggtGgCACGTGycwgkcg+++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m39_MA1880_1 Hey cluster_1 D 3 0 25 +++sssssgrCACGTGccvcsbsss SSSVSGBGGCACGTGYCSSSSS+++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m43_MA1884_1 Hox3 cluster_1 R 4 1 25 ++++WWWWWWATCATTAWYWWWWW+ +wwwwwrwTAATgAtwwwwww++++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m58_MA1899_1 Mitf cluster_1 R 2 3 25 ++SGGSRSRTCACGTGAYKBSS+++ +++ssvmrtCACGTGAysysccs++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m85_MA1926_1 Usf cluster_1 R 2 3 25 ++TWTYWDRTCACGTGAYYWDT+++ +++ahwrrtCACGTGayhwrawa++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m28_MA1869_1 FoxK cluster_1 D 4 1 25 ++++kkkkktkTGTTTaywtwtww+ +WWAWAWRTAAACAMAMMMMM++++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m6_MA1847_1 Bsx cluster_1 D 4 1 25 ++++WWWWVRSCAATTAWSKCMTW+ +wakgmswTAATTGsybwwww++++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m25_MA1866_1 FoxI-a cluster_1 R 3 2 25 +++KKKKKKTTTGTTTDTKTTTT++ ++aaaamahAAACAAammmmmm+++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m30_MA1871_1 FoxM cluster_1 R 3 2 25 +++KTTKTTTTTGTTTKTTTTTK++ ++maaaaamAAACAAaaamaam+++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m76_MA1917_1 SoxC cluster_1 D 2 3 25 ++WWWAAAAAACAATDAWWWWK+++ +++mwwwwthATTGTTttttwww++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m9_MA1850_1 Dlx-b cluster_1 R 2 1 25 ++WWWWWRSGGTAATTAYCSYHWW+ +wwdrsgrTAATTAccsywwwww++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m10_MA1851_1 Dlx-c cluster_1 D 2 1 25 ++wwwwwrrgaTAATTAyytwwww+ +WWWWARRTAATTATCYYWWWWW++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m51_MA1892_1 Klf5-like cluster_1 D 4 1 25 ++++cccssccACGCCChmmcccc+ +GGGGKKDGGGCGTGGSSGGG++++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m52_MA1893_1 Klf6-7-like cluster_1 D 4 1 25 ++++ccccvcCACrCCCmmccccc+ +GGGGGKKGGGYGTGGBGGGG++++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m62_MA1903_1 Nk-1 cluster_1 R 4 1 25 ++++DKKKKKTTAATTGRWWWWWD+ +hwwwwwyCAATTAammmmmh++++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m22_MA1863_1 FoxE cluster_1 D 3 2 25 +++ddwkkkkTTGTTTwtwtwrk++ ++MYWAWAWAAACAAMMMMWHH+++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m50_MA1891_1 Klf3/8/12 cluster_1 D 4 1 25 ++++mmmkrCCACrCCCammmccm+ +KGGKKKTGGGYGTGGYMKKK++++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m66_MA1907_1 Otp cluster_1 D 3 2 25 +++WWWAWTTAATTAAWTWWWWW++ ++wwwwwawTTAATTaawtwww+++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m33_MA1874_1 GATA-a cluster_1 D 4 1 25 ++++wwwwwrctGATAAsrwawhh+ +DDWTWYSTTATCAGYWWWWW++++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m34_MA1875_1 GATA1/2/3 cluster_1 D 4 1 25 ++++wwwdwwraGATAAgmwwwww+ +WWWWWKCTTATCTYWWHWWW++++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m73_MA1914_1 Snail cluster_1 R 3 2 25 +++KKKGKDRCAGGTGYRBKKKK++ ++mmmmvyrCACCTGyhmcmmm+++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m82_MA1923_1 Tcf3-4-12 cluster_1 R 3 2 25 +++YRGGTGRCAGGTGKSASSYG++ ++crsstsmCACCTGycaccyr+++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m19_MA1860_1 FoxA-b cluster_1 D 2 1 25 ++wwdwdyaAATATTTrywywwww+ +WWWWRWRYAAATATTTRHWHWW++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m20_MA1861_1 FoxB cluster_1 R 2 1 25 ++HWAWRYMAATATTTRCWTWWKD+ +hmwwawgYAAATATTkrywtwd++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m5_MA1846_1 Brachyury cluster_1 R 2 1 25 ++CSAAAWTTCACACCTAYGYGYK+ +mrcrcrtAgGTGTGAawtttsg++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m79_MA1920_1 Tbox-b cluster_1 R 2 1 25 ++KKRWWWTTCRCACCTYYWARRG+ +cyytwrrAGGTGygAawwwymm++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m26_MA1867_1 FoxI-b cluster_1 D 4 1 25 ++++wtkttwwTGTTTAywwwaha+ +TDTWWWRTAAACAWWAAMAW++++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m37_MA1878_1 Hes-c cluster_1 R 3 0 25 +++YGYVHSRCACGCGCCWSRCRCG cgygyswggCGCGTGysdbrcr+++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m2_MA1843_1 AP4 cluster_1 D 4 1 25 ++++gwwrawCAGCTGathawcar+ +YTGWTDATCAGCTGWTYWWC++++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m4_MA1845_1 Atoh7 cluster_1 D 4 1 25 ++++gvryraCAGCTGTyrybscs+ +SGSVRYRACAGCTGTYRYBC++++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m23_MA1864_1 FoxF cluster_1 R 4 1 25 ++++DTKTRWWTRTTTATWTWWWW+ +wwwwawaTAAAyAwwyamah++++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m15_MA1856_1 Fli-Erg-b cluster_1 R 0 3 25 MMCCVAAACCGGAARYRVRRHY+++ +++rdyybyryTTCCGGtttbggkk
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m8_MA1849_1 Creb1 cluster_1 R 2 1 25 ++AAAKYTRTGACGTCAYARMTTT+ +aaakytrTGACGTCAyarmttt++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m17_MA1858_1 Fos-b cluster_1 D 2 3 25 ++kwmasdATGACGTCAThctk+++ +++MAGDATGACGTCATHSTKWM++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m78_MA1919_1 Tbox-a cluster_1 R 1 2 25 +SCMMMMWTTCACACCYYCMCCC++ ++gggkgrrGGTGTGAawkkkkgs+
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m27_MA1868_1 FoxI-c cluster_1 D 3 2 25 +++rhskaskATGTTTtkwbkkr++ ++YMMVWMAAAACATMSTMSDY+++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m31_MA1872_1 FoxO cluster_1 D 3 2 25 +++wrwaaacATGTTTwyktttw++ ++WAAAMRWAAACATGTTTWYW+++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m81_MA1922_1 Tbx2/3 cluster_1 R 2 3 25 ++KKKKAWWTCACACCTYYTTY+++ +++raarrAgGTGTgAwwtmmmm++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m49_MA1890_1 Klf15 cluster_1 D 3 0 25 +++cccccsmCACrCCCCcccmmmc GKKKGGGGGGGYGTGKSGGGGG+++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m74_MA1915_1 SoxB1 cluster_1 D 1 4 25 +WMMAAWAACAATGWHAWTKK++++ ++++mmAwtdwcATTGTtwttkkw+
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m24_MA1865_1 FoxG cluster_1 D 4 1 25 ++++kkkkkkkTGTTTGtkkkkkk+ +MMMMMMACAAACAMMMMMMM++++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m56_MA1897_1 Max cluster_1 D 3 2 25 +++kgktdrmCACGTGkyhamcm++ ++KGKTDRMCACGTGKYHAMCM+++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m80_MA1921_1 Tbx15/18/22 cluster_1 R 2 1 25 ++GGTGWBATCACACCTYYCMYMM+ +kkrkgrrAGGTGTgAtvwCaCc++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m71_MA1912_1 Six3/6 cluster_1 D 4 1 25 ++++DWDWRSSGTATCAWWTWCAW+ +wtgwawwTGATACssywhwh++++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m12_MA1853_1 Erf-a cluster_1 D 3 2 25 +++TTTTKKYACTTCCGKTYYYY++ ++rrrramcGGAAGTrmmaaaa+++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m18_MA1859_1 FoxA-a cluster_1 R 5 0 25 +++++WKBBWTTGTTTACWTARKGM kcmyTAwGTAAACAAwvvmw+++++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m32_MA1873_1 FoxQ cluster_1 D 5 0 25 +++++wwwwwwwGTTTATwwwwwww WWWWWWWATAAACWWWWWWW+++++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m35_MA1876_1 Gsx cluster_1 D 2 3 25 ++AWWDSYAATTAAAWWSYMAT+++ +++AtkrswwtTTAATtrshwwT++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m61_MA1902_1 NFkb cluster_1 D 2 1 25 ++vmaaarGGGGAATcCCCctwyy+ +RRWAGGGGGATTCCCCYTTTKB++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m70_MA1911_1 Rel cluster_1 D 3 2 25 +++kkkkkkgGGAATTyccsydk++ ++MHRSGGRAATTCCCMMMMMM+++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m67_MA1908_1 Otx cluster_1 D 3 0 25 +++DWWWWWKCGGATTAAKBYKWWW wwwmrvmtTAATCCgmwwwwwh+++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m7_MA1848_1 Cebpg cluster_1 D 2 3 25 ++RMWDTRDTGCAATAYYKBYY+++ +++rrvmrrtATTGCAhyahwky++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m46_MA1887_1 Hsf1-2-4 cluster_1 R 1 4 25 +GAAHDTTCTAGAAHRTTCKA++++ ++++tmGAaydTTCTAGAAhdttc+
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m47_MA1888_1 Irf-b cluster_1 R 2 1 25 ++MRMRAARCGAWACTCYAGTHTC+ +GAdActrgAGTwTCGyttykyk++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m86_MA1927_1 YY1-2 cluster_1 D 2 1 25 ++RVRGCCGCCATWATGGCSGCYS+ +srgcsgCCATwATGGcggcyby++
JASPAR_2022_urochordates_CORE_m1_MA0118_1 Macho-1 cluster_1 R 9 7 25 +++++++++KRMCMCCCR+++++++ +++++++ygGGkGkym+++++++++